Rodolfo Funari si è occupato prevalentemente di storiografia latina. In particolare, ha realizzato un commento filologico e linguistico ai frammenti di tradizione indiretta delle Historiae di Sallustio, pubblicato in due volumi nel 1996. È stato collaboratore del Thesaurus linguae Latinae, per il quale ha realizzato diverse voci. Per incarico del Centro di Studi Papirologici dell’Università del Salento, sotto la direzione del professor Mario Capasso, ha realizzato nel Corpus dei Papiri Storici Greci e Latini le edizioni commentate dei frammenti da papiro e pergamena provenienti dall’Egitto di Sallustio (2008), di Tito Livio (2011) e degli Adespota storici latini (2014). È coautore, con Antonio La Penna, di una edizione commentata delle Historiae di Sallustio. È stato membro del comitato scientifico internazionale per il corpus dei papiri latini (Cambridge, 2025), nel quale ha curato l’edizione critica dei frammenti degli storici.